Las 15 mejores herramientas de biología para el sistema Linux

La biología, también conocida como ciencias de la vida, es una de las ramas centrales del conocimiento. Se ocupa de los procesos vitales de los organismos vivos. La historia de la investigación y el desarrollo en este campo es bastante antigua. Con el desarrollo de la tecnología informática, los hombres han logrado un progreso real en este campo. Desde la conquista de enfermedades mortales hasta la resolución del misterio de un organismo vivo, la computadora es un gran compañero para los biólogos. Hay muchas herramientas de biología de código abierto disponibles. Linux es un sistema operativo de código abierto muy personalizable que es preferido por muchos investigadores. Entonces, si usted es un biólogo o un aficionado a la biología que busca algún software de biología de Linux, es posible que desee consultar estas herramientas de biología para PC con Linux para aprovechar al máximo su estudio o investigación.

Las mejores herramientas de biología para Linux

Algunas personas tienen la idea errónea de que Linux no tiene una gran biblioteca de software. Pero se sorprenderá de que en la categoría de software educativo y basado en la investigación, Linux sigue siendo imbatible. Es porque la mayoría de los científicos e investigadores están con el movimiento del software de código abierto.

Por lo tanto, obtiene una amplia colección de herramientas de biología para Linux. Son gratuitos y nada menos que cualquier software de pago. Aquí he hecho una lista seleccionada de 15 herramientas de diferentes tipos para que no tenga que molestarse en encontrarlas. Si lee este artículo completo, espero que encuentre el mejor software para el sistema Linux, que se adapte a sus necesidades.

1. EMBOSS

La explicación del nombre del software es European Molecular Biology Open Software Suite. Es una herramienta de biología de código abierto para Linux diseñada para personas interesadas en el campo de la biología. EMBOSS es una poderosa herramienta de análisis secuencial. Es un paquete algo completo de herramientas que las características y posibilidades de esta herramienta están más allá de la explicación.

1. EMBOSS: herramientas de biología para Linux

Características clave de EMBOSS

  • Puede rastrear y recuperar rápidamente datos secuenciales de la web.
  • EMBOSS se utiliza para alineación de secuencias, identificación de motivos de proteínas, análisis de patrones de secuencias de nucleótidos, etc.
  • Tiene una biblioteca incorporada para lanzar nuevas herramientas de código abierto.
  • Se incorpora una herramienta de presentación avanzada para la publicación rápida de los datos recuperados.
  • Puede realizar el manejo de cadenas, la comparación de patrones, el procesamiento de listas y la indexación de bases de datos utilizando bibliotecas de programación adicionales.
  • La función de integración es útil para sincronizar con otras herramientas populares.

Obtener EMBOSS

2. NAMD

NAMD es un programa de simulación desarrollado especialmente para simular grandes sistemas biomoleculares. Esta herramienta de biología para Linux es tan poderosa que puede procesar millones de átomos a la vez de forma paralela. Charm ++ es un lenguaje basado en C ++ que se utiliza para escribir este programa. NAMD utiliza un entorno de ejecución llamado Converse para ejecutarse en sistemas paralelos basados ​​en clústeres, lo que ayuda a procesar grandes cantidades de datos biológicos a la vez.

2. NAMD

Características clave de NAMD

  • La simulación de la estructura molecular se prepara utilizando Visual Molecular Dynamics.
  • Admite diferentes tipos de archivos de entrada, incluidos X-PLOR, CHARMM, AMBER, etc.
  • NAMD utiliza la integración de varios pasos de tiempo para el análisis numérico.
  • Los usuarios pueden seleccionar entre una amplia gama de opciones de simulación dinámica.
  • Es compatible con el procesamiento acelerado por GPU.
  • Esta herramienta admite el muestreo general basado en réplicas a través del módulo de variables colectivas.

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3. GROMACS

GROMACS no es solo otra herramienta de simulación biológica; más bien, es un paquete de software completo con herramientas integradas de construcción y análisis. Esta versátil herramienta de biología para Linux puede realizar análisis y simulación de miles a millones de partículas biológicas. Fue desarrollado principalmente para el análisis de productos químicos biológicos como proteínas y lípidos. Pero ahora, también se utiliza en campos de investigación no biológicos.

 

Características clave de GROMACS

  • Esta herramienta es dos o tres veces más rápida que sus competidores.
  • El código del software está altamente optimizado para un procesamiento de datos más rápido.
  • Gromacs es bastante fácil de usar. Los códigos de error están escritos con textos sencillos para facilitar su comprensión.
  • El extenso manual de usuario de esta herramienta está disponible de forma gratuita en formato de papel electrónico.
  • Puede almacenar datos de trayectoria en un método compacto.
  • Tiene algunas herramientas integradas para el análisis de trayectorias. Los usuarios no necesitan escribir ningún código para este propósito.
  • Cuenta con un generador de topología para proteínas totalmente automatizado, que es muy útil.

Obtenga GROMACS

4. VMD

VMD es un programa avanzado de visualización biomolecular desarrollado para Linux. Un programa de visualización molecular es principalmente un programa para mostrar datos moleculares con gráficos 3D. VMD puede leer y analizar archivos PDB o Protein Data Bank y representarlos de forma gráfica estructurada. Incluso puede simular moléculas para diferentes condiciones y casos. Por tanto, se ha convertido en un programa muy útil para los investigadores profundos de la biología.

4. VMD

Características clave de VMD

  • Puede utilizar la potencia de la GPU externa de la computadora.
  • El desarrollador no ha aplicado ninguna limitación al número de moléculas u otros parámetros. ¡La RAM es tu límite!
  • Los usuarios pueden generar fácilmente archivos PDF a partir de la salida 3D estándar con la herramienta incorporada.
  • VMD puede utilizar el sistema de visualización estéreo siempre que lo tenga.
  • La extensa biblioteca de lectores de archivos integrados admite hasta 60 formatos de archivo diferentes.
  • Los investigadores pueden escribir sus comandos de rutina utilizando el lenguaje Tcl.

Obtener VMD

5. simuPOP

SimuPOP no es otra herramienta de biología común para Linux. Más bien es un entorno de simulación genética de poblaciones en el tiempo. Puede analizar y simular cualquier problema relacionado con la población. De ahí que los investigadores del campo de la biología utilicen esta herramienta para simular la propagación de enfermedades complejas. simuPOP usa Python como lenguaje de programación central.

5. simuPOP - Herramientas de biología para Linux

Características clave de simuPOP

  • Tiene la opción de adjuntar campos de información a individuos de una población.
  • Tiene límites de número para el número de conjuntos homólogos de cromosomas u otros parámetros.
  • Tiene más de 70 operadores integrados para análisis de población.
  • La interfaz de secuencias de comandos avanzada ofrece a los usuarios la posibilidad de personalizar este programa.
  • simuPOP tiene un completo sistema de documentación para principiantes.

Obtener simuPOP

6. MÚSCULO

El músculo es la abreviatura del nombre original del software MÚSCULO MU ltiple  S equence  C OMPARACIÓN por  L Og-  E Xpectation. Es una herramienta de biología muy popular para Linux, que se utiliza para crear múltiples alineaciones de secuencias de aminoácidos o nucleótidos. Además, su mayor precisión y velocidad lo mantienen por delante de otros competidores como ClustalW2 o T-Coffee. Se considera uno de los programas más rápidos de esta categoría.

6. MÚSCULO

Características clave de MUSCLE

  • Admite tres funciones diferentes de puntuación de perfiles de proteínas.
  • MUSCLE proporciona funciones de optimización diagonal y de anclaje.
  • El popular formato basado en texto FASTA se utiliza en esta herramienta como archivos de entrada y salida.
  • Cuenta con un beneficio adicional que puede generar archivos de salida en diferentes formatos populares como LUSTALW, MSF, HTML, etc.

Obtener MÚSCULO

7. SeaView

SeaView es un software normal de alineación de secuencias múltiples. Pero su especialidad es que tiene una interfaz gráfica de usuario muy buena y fácil de usar. Este paquete se utiliza como backend para otras herramientas populares como Clustal Omega, Gblocks y PhyML. Fast Light Toolkit, comúnmente conocido como FLTK, alimenta la interfaz de usuario de este programa.

7. SeaView: herramientas de biología para Linux

Características clave de SeaView

  • Admite la mayoría de los formatos de archivo para la secuenciación de proteínas y ADN, incluidos NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, etc.
  • Los usuarios pueden importar archivos externos en formato FASTA para algoritmos de alineación.
  • Puede dibujar árboles filogenéticos y generarlos en diferentes formatos comunes como PDF, SVG, EPS, etc., para imprimir o publicar.
  • SeaView tiene un descargador integrado para descargar secuencias genéticas de Internet.

Obtener SeaView

8. ROMPECABEZAS DE ÁRBOL

TREE-PUZZLE es el nuevo nombre del software PUZZLE. Es una herramienta de biología muy popular para Linux. Originalmente es un algoritmo de búsqueda de árbol basado en consola que se utiliza para el análisis de grandes conjuntos de datos. Este paquete de software TREE-PUZZLE puede reconstruir árboles utilizando los algoritmos descritos por Strimmer y von Haeseler.

8. ROMPECABEZAS DE ÁRBOL

Características principales de TREE-PUZZLE

  • Utiliza algoritmos desconcertantes cuarteto.
  • Esta herramienta puede asignar estimaciones de soporte para cada rama interna de forma automática.
  • TREE-PUZZLE puede construir árboles ingresando conjuntos de árboles dados por el usuario.
  • Tiene algunas herramientas para realizar pruebas estadísticas sobre los conjuntos de datos.
  • Puede estimar parámetros y distancias por pares.

Obtén TREE-ROMPECABEZAS

9. TreeView X

Es una herramienta de biología de código abierto para la construcción de árboles filogenéticos. El software de construcción de árboles es muy importante en el campo de la biología. Por eso se considera una buena herramienta de biología de Linux. Puede leer archivos de árbol con diferentes formatos de archivo.

9. TreeView X - Herramientas de biología para Linux

Características clave de TreeView X

  • Tiene una interfaz gráfica de usuario rica basada en la biblioteca wxWidgets C ++.
  • Puede exportar árboles en diferentes formatos de archivo basados ​​en imágenes.
  • TreeView X tiene una opción de impresión avanzada incorporada que ayuda a formatear los números de papel de impresión de acuerdo con las necesidades del usuario.
  • La función de arrastrar y soltar aumenta la productividad al usar esta herramienta.

Obtener TreeView X

10. UGENE

Es un software de biología de código abierto para Linux. UGENE se utiliza para el análisis de diversos datos biológicos. Hoy en día, se utiliza principalmente para la secuenciación del genoma. Los datos analizados se pueden almacenar en el almacenamiento de la computadora o incluso en una base de datos de laboratorio compartida. La interfaz gráfica de usuario de esta herramienta ayuda a los usuarios a operar esto sin ningún conocimiento previo de codificación. Además de la GUI, también tiene una interfaz de línea de comandos heredada para trabajar.

10. UGENE

Características clave de UGENE

  • Los usuarios pueden crear y anotar secuencias de proteínas fácilmente.
  • Puede utilizar los múltiples núcleos de la CPU del host y puede utilizar una tarjeta gráfica discreta.
  • Tiene integración incorporada con servidores de bioinformática populares como PDB, NCBI, etc.
  • UGENE tiene una herramienta Primer3 integrada para el diseño de un cebador de PCR.
  • Cuenta con un visor de cromatogramas avanzado.
  • Esta herramienta puede buscar señales complejas con ExpertDiscovery.

Consigue UGENE

11. Primer3

Primer3 es uno de los software de biología más populares para Linux. Es una herramienta de biología gratuita y de código abierto para Linux bajo la licencia GNU. Esta herramienta se utiliza para seleccionar el cebador de una secuencia de ADN. Esta herramienta también tiene una interfaz de usuario web alternativa llamada Primer3 Plus para aquellos que no quieren instalarla localmente.

11. Primer3 - Herramientas de biología para Linux

Características clave de Primer3

  • Los usuarios pueden importar / cargar archivos de secuencia en casi cualquier formato de archivo popular.
  • Las secuencias se pueden pegar en texto sin formato.
  • Tiene muchas funciones de personalización en la categoría de configuración general y avanzada.
  • Los usuarios pueden ingresar la calidad de la secuencia en esta herramienta.
  • Hay una pestaña dedicada para pesos de penalización en esta herramienta.

Obtenga Primer3

12. Navegador de genoma integrado

Como sugiere su nombre, es un navegador de genoma para su escritorio. Es una herramienta de biología gratuita y de código abierto. Este software de biología para Linux puede buscar secuencias genómicas en Internet. Por supuesto, puede buscar estos datos bioinformáticos particulares a través de su navegador habitual. Pero créame, este navegador dedicado hará que su flujo de trabajo sea mucho más rápido. Esta herramienta se basa en Genoviz SDK, una biblioteca de Java.

12. Navegador de genoma integrado

Características clave del navegador de genoma integrado

  • Esta herramienta puede leer datos de muchos formatos de archivo, incluidos BAM, BED, Affymetrix CHP, FASTA, GTF, PSL, etc.
  • Los usuarios pueden exportar la salida a cualquier formato imprimible como SVG, PNG o incluso PDF fácil de usar.
  • Funciones de desplazamiento y zoom dinámicas y en tiempo real.
  • Admite servicios web de estilo REST para funciones de anotación.

Obtenga IGB

13. LÁMPARAS

LAMMPS es una de las herramientas de biología de código abierto más populares. La abreviatura significa “ L arge escala A tomic / M MOLECULAR M assively P an paralelo S imulator.” Es un software de dinámica molecular de propósito general. Pero hoy en día, es muy utilizado en el campo de la investigación biológica. Está desarrollado y mantenido por Sandia National Laboratories. Este software de biología de Linux utiliza la interfaz de paso de mensajes o el protocolo MPI para la comunicación paralela entre investigadores.

13. LAMMPS: herramientas de biología para Linux

Características clave de LAMMPS

  • Utiliza una estructura de datos eficiente llamada Verlet List para realizar un seguimiento de las partículas cercanas.
  • Puede utilizar todo el potencial de un sistema informático paralelo dividiendo el dominio de simulación en subdominios más pequeños y distribuyéndolos para cada procesador.
  • Esta herramienta es muy portátil porque está hecha en C ++.
  • Soporte integrado para el sistema de renderizado CUDA y OpenCL GPU.
  • Los usuarios pueden ampliar fácilmente nuevas características y funciones.

Obtenga LAMMPS

14. Mothur

Mothur es un software de biología de Linux muy conocido entre los académicos. Este proyecto de software fue iniciado por el Dr. Patrick Schloss et al. Muchas publicaciones de investigación biológica han citado este software hasta ahora. Esta herramienta de código abierto es un muy eficiente . Se utiliza principalmente para el análisis de ADN de microbios no cultivados.

14. Mothur

Características clave de Mothur

  • Puede procesar datos generados a partir de varios métodos de secuenciación de ADN.
  • Casi todos los métodos populares son compatibles con esta herramienta, incluida la pirosecuenciación 454, Illumina HiSeq y MiSeq, Sanger, PacBio e IonTorrent.
  • Ninguna otra herramienta puede vencer a Mothur en el análisis de secuencias de genes de ARNr 16S.
  • Es mantenido regularmente por un grupo de renombrados estudiosos de biología.

Obtener Mothur

15. PathVisio

PathVisio es una herramienta de biología gratuita y de código abierto para Linux. Se utiliza para dibujar, editar y analizar rutas biológicas. Tiene muchas funciones útiles integradas en el paquete. Los usuarios también pueden instalar funciones adicionales a través de complementos. Esta herramienta está basada en Java, y es por eso que se puede instalar fácilmente en cualquier plataforma, incluido Linux.

15. PathVisio - Herramientas de biología para Linux

Características clave de PathVisio

  • Herramientas avanzadas de dibujo y anotación para recorridos.
  • Incluso puede analizar diferentes tipos de vías biológicas.
  • PathVisio tiene una integración incorporada con WikiPathways para facilitar la publicación.
  • La herramienta de código abierto Cytoscape se puede integrar fácilmente con esta herramienta.
  • Puede integrarse con otros lenguajes de programación a través de PathVisioRPC.

Obtener PathVisio

Pensamientos finales

Como puede ver, existen numerosas herramientas para los diferentes propósitos necesarios en el campo de la biología. La biología es un vasto campo de conocimiento e investigación. Por lo tanto, es obvio que no necesitará utilizar todas las herramientas mencionadas anteriormente. Si prueba esta lista curada de software de biología de Linux, sabrá cuál se adapta mejor a sus trabajos. Y, si tiene algún software favorito en esta categoría, puede informar a otros comentando a continuación.

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